أبدى أيمن علي مستشار الرئيس محمد مرسي، عن قلق الرئاسة من بعض الأحكام التي صدرت من مؤسسة القضاة، لكن تدخل الرئاسة فيال شأن القضائي سيفتح باب شر كبير. قائلا "لكن في كل الأحوال لجئنا إلى السلطة القضائية لتفعل شعارها الذي يقول أنها تصلح نفسها بنفسها، ولا أريد أن استخدم شعار التطهير الذي يزعج البعض وإن كان استخدمه بعض مشايخ القضاة". وأكد أن الذي يسعى لمصلحة البلد يسعى أن السلطات الثلاث تتمتع باستقلالية تامة وتمارس دورها بحيدة تامة، مشيرًا إذا قرأ البعض أن الرئيس مرسي منزعج من بعض الأحكام التي صدرت بالبراءات إلى آخره، مؤكدًا ان الرئاسة لا هي متغولة على القضاء ولا هي التي تجامل القضاء. وقال لا اعتقد أن احد يمكن أن يتهم الرئاسة انها ضالعة في أحكام البرائة لرموز النظام السابق أو الأحكام التي فرغت بعض مفاهيم الثورة من محتواها، وأن الرئاسة تعاني من نفس النتائج كما يعاني منها من ينزعج منها من الوطنيين، لكن هذا هو المحك العملي الآن من انني إذا كنت أملك ادوات كان يمتلكها النظام السابق وقبلت أن أحافظ على السلطة القضائية كما هي وألا تكون عندي محاكم ثورة وألا أتدخل في هذا الإطار ينبغي أن أقبل كل ما ينتج عنه. وقال أتمنى اليوم قبل غدا أن يطبق قانون حماية الثورة ولكن لن نكون سعداء اذا تدخلت الرئاسة في شأن قضائي لن هذا سيفتح باب شر كبير . واضاف لدي سلطة تشريعية ينبغي أن تقوم بدورها وسلطة قضائية تقوم بدورها حتى في عملية إصلاح القضاء بنفسه وسلطة تنفيذية على رأسها رئيس الجمهورية ورئيس الوزارة تتحمل مسؤوليتها في هذا لكن تحميل الرئاسة مسؤولية كل هذه الأعمال مجتمعة من الخطأ الكبير. جاء ذلك خلال لقائه مع الإعلامي أحمد منصور على قناة الجزيرة مباشر مصر مساء اليوم "الأربعاء".