قرر المستشار حسن سمير قاضي التحقيق المنتدب من محكمة استئناف القاهرة للتحقيق في وقائع اقتحام السجون وما ارتبط بها من قضايا تخابر وقتل والشروع في القتل، تجديد حبس الرئيس المعزول محمد مرسي لمدة 30 يوما احتياطيا على ذمة التحقيقات التي تجري معه. وكان المستشار حسن سمير قد انتقل إلى الرئيس المعزول في محبسه، وقام باستجوابه ومواجهته بما توافر من أدلة أسفرت عنها التحقيقات وأكدتها تحريات جهاز الأمن الوطني. وتضمنت الاتهامات المنسوبة إلى مرسي السعي والتخابر مع حركة حماس للقيام بأعمال عدائية في البلاد، والهجوم على المنشآت الشرطية والضباط والجنود واقتحام السجون المصرية وتخريب مبانيها ووضع النيران عمدا في سجن وادي النطرون، وتمكين السجناء من الهرب، وهروبه شخصيا من السجن، وإتلاف الدفاتر والسجلات الخاصة بالسجون، واقتحام أقسام الشرطة وتخريب المباني العامة والأملاك في زمن هياج وفتنة، وقتل بعض السجناء والضباط والجنود عمدا مع سبق الإصرار، واختطاف بعض الضباط والجنود. وقد حضر التحقيقات مع محمد مرسي محاميا منتدبا، حيث أبدى دفاعه ودفوعه كاملة خلال التحقيق. كما قرر المستشار حسن سمير حبس الدكتور محمد سعد الكتاتني رئيس حزب "الحرية والعدالة" ورئيس مجلس الشعب السابق، لمدة 15 يوما على ذمة التحقيقات التي تجري معه في ذات القضية، حيث وجه له ذات الاتهامات المنسوبة إلى الرئيس المعزول، وأبدت هيئة الدفاع الحاضرة مع الكتاتني خلال التحقيقات دفوعها ودفاعها كاملا عنه. وأصدر المستشار حسن سمير أيضا أمرا بضبط وإحضار 32 متهما من قيادات جماعة "الإخوان" المتهمين في التحقيقات، وإدراج أسمائهم على قوائم المنع من السفر وترقب الوصول. وأكد قاضي التحقيق استمرار العمل بحظر النشر في التحقيقات لحين الإنتهاء منها وإعلان نتائجها للرأي العام من خلاله، مطالبا وسائل الإعلام المختلفة بالإلتزام بقرار حظر النشر وعدم اختراقه منعا لتعرضهم للمساءلة الجنائية.
