تمثل البحيرات المصرية الداخلية والساحلية أهمية اقتصادية كبيرة دعما للأمن الغذائى فى مصر، كما تعتبر مصدرا للدخل وفرص عمل لسكان المناطق المحيطة بها.

ورغم أهميتها، تتعرض جميع البحيرات المصرية لعدة مشكلات تؤثر عليها، ونرصد أهم تلك المشكلات فى نقاط على النحو التالى: 

1- التلوث من خلال استقبالها المصارف الزراعية المحملة بالصرف الصحى والصناعى المعالج وغير المعالج المستمرة فيما عدا بحيرة البردويل.

2- التعديات على البحيرات تتسب فى التجفيف.

3- الصيد المخالف والجائر والصيد فى أيام المنع بشباك الجر ذات الماجة الصغيرة مما يؤدى إلى تدمير مناطق تكاثر أسماك موسى والبلطى ويقضى على كميات كبيرة من زريعة أسماك البورى.

4- المزارع السمكية المنتشرة حول البحيرات والتى تصب مخلفاتها فيها بالإضافة إلى الاستزراع السمكى داخل البحيرات وتغذيتها بأساليب غير صحية مما يزيد من تلوث البحيرات ويقلل الأكسجين الذائب ويؤدى إلى نفوق الأسماك بها.

5- زيادة نمو النباتات المائية مما يعيق دوران المياه داخل البحيرات فيما عدا بحيرة البردويل.