ويتكون المجلس من 5 عسكريين اختارهم المجلس العسكرى، و5 مدنيين اختارتهم قوى الحرية والتغيير، والعضو الحادى عشر اختير بالتوافق.
وتناول الفصل الثالث فى الوثيقة الدستورية، تشكيل أجهزة الحكم الانتقالى ، ومنها مجلس السيادة، وهو رأس الدولة ورمز سيادتها ووحدتها، وهو القائد الأعلى للقوات المسلحة وقوات الدعم السريع والقوات النظامية الأخرى .
ويرأس مجلس السيادة فى الـ 21 شهرا الأولى للفترة الانتقالية من يختاره الأعضاء العسكريون، وقد اختاروا رئيس المجلس العسكرى عبد الفتاح البرهان، ويرأسه فى الـ 18 المتبقية من الفترة الانتقالية، عضو مدنى يختاره الأعضاء الخمسة المدنيون، الذين اختارتهم قوى إعلان الحرية والتغيير .
ويمارس مجلس السيادة عدة اختصاصات وسلطات ، هى تعيين رئيس مجلس الوزراء الذى تختاره قوى الحرية والتغيير، اعتماد أعضاء مجلس الوزراء الذين يعينهم رئيس مجلس الوزراء من قائمة مرشحى الحرية والتغيير، واعتماد حكام الأقاليم أو ولاة الولايات، بعد تعيينهم من رئيس مجلس الوزراء، واعتماد تعيين أعضاء المجلس التشريعى الانتقالى، واعتماد تشكيل مجلس القضاء العالى بعد تشكيله، واعتماد تعيين رئيس القضاء وقضاة المحكمة العليا ورئيس وأعضاء المحكمة الدستورية بعد ترشيحهم من قبل مجلس القضاء العالى .
كما يختص المجلس باعتماد تعيين النائب العام بعد ترشيحه من قبل المجلس الأعلى للنيابة العامة، واعتماد سفراء السودان فى الخارج بترشيح من مجلس الوزراء، وقبول اعتماد السفراء الأجانب لدى السودان.
ومن أبرز سلطات المجلس إعلان الحرب بناء على توصية من مجلس الأمن والدفاع، الذى يتكون من مجلس السيادة، رئيس الوزراء، وزير الدفاع، وزير الداخلية، وزير الخارجية، وزير العدل، وزير المالية، القائد العام للقوات المسلحة، النائب العام، والمدير العام لجهاز المخابرات العامة، على أن تتم المصادقة على الإعلان من المجلس التشريعى الانتقالى خلال 15 يوما من تاريخ الإعلان، وإذا لم يكن المجلس التشريعى الانتقالى منعقدا، فيجب عقد دورة طارئة.
وللمجلس الحق فى إعلان حالة الطوارئ بطلب من مجلس الوزراء، وتتم المصادقة على القرار من المجلس التشريعى الانتقالى خلال 15 يوماً من تاريخ الإعلان، بالإضافة إلى التوقيع على القوانين المجازة من المجلس التشريعى الانتقالى، وفى حالة امتناع مجلس السيادة عن التوقيع لمدة 15 يوما دون إبداء أسباب يعتبر القانون نافذا، أما إذا أبدى مجلس السيادة، أسباباً لامتناعه عن التوقيع يعاد القانون للمجلس التشريعى الانتقالى للتداول حول ملاحظات مجلس السيادة ويصبح مشروع القانون مبرماً إذا أجازه المجلس التشريعى الانتقالى مرة أخرى، وفى هذه الحالة لا تكون موافقة مجلس السيادة لازمة لإنفاذ القانون.
كما يصدق مجلس السيادة على الأحكام النهائية الصادرة بالإعدام من السلطة القضائية، وله سلطة العفو عن المدانيين وإسقاط العقوبة أو الإدانة وفق القانون.
وللمجلس حق التوقيع على الاتفاقيات الدولية والإقليمية بعد المصادقة عليها من المجلس التشريعى الانتقالي، وهو يرعى عملية السلام مع الحركات المسلحة، وتصدر قرارات مجلس السيادة بالتوافق أو بأغلبية ثلثى أعضائه فى حالة عدم التوافق.
وبخصوص الحصانة الإجرائية لأعضاء المجلس، نصت الوثيقة الدستورية على أنه لايجوز اتخاذ إجراءات جنائية ضد أى من أعضاء مجلس السيادة دون أخذ الإذن برفع الحصانة من المجلس التشريعى، ويصدر القرار برفع هذه الحصانة الاجرائية بالأغلبية البسيطة لأعضاء المجلس التشريعى، وإلى حين تشكيل المجلس التشريعى الانتقالى، يكون رفع الحصانة من اختصاص المحكمة الدستورية، وإذا لم يكن المجلس التشريعى الانتقالى منعقداً فيجب عقد جلسة طارئة.
ومن المقرر أن يُقسم رئيس وأعضاء مجلس السيادة القسم الدستورى غدا أمام رئيس القضاء.
