يؤدى اليوم طلاب الصف الأول والثانى الثانوى القسم العلمى الأزهري امتحاناتهم فى مادتى التفسير وعلومه والأحياء والكيمياء، بينما يؤدى طلاب الصف الأول الثانوي القسم الأدبى التفسير بمادتى التفسير وعلومه وعلم النفس، أما الصف الثانى الثانوى القسم الأدبى يؤدون امتحاناتهم فى مادتى التفسير وعلومه والفلسفة.

وأصدر قطاع المعاهد الأزهرية عدة ملاحظات، وهى: يمتحن المبصرون شفهياً في حفظ القرآن الكريم وتجويده/ المطالعة والنصوص، كما يمتحن المكفوفون شفهياً في جميع المواد المقررة عليهم، على أن يكون امتحان مادتى الحاسب الآلى والمستوى الرفيع خاص بالمعاهد النموذجية والخاصة، ويمتحن فيهما الطالب قبل الامتحان التحريرى ويتحدد موعده بمعرفة المنطقة.